Pada tahun 2016, terdapat 15 Proyek Strategis Nasional yang dibatalkan statusnya dan dikeluarkan dari daftar PSN.[132] Sementara itu, pada tahun 2017, terdapat 14 Proyek Strategis Nasional yang dibatalkan statusnya, sehingga jumlah sepanjang periode 2016-2017 terdapat 29 Proyek Strategis Nasional yang dibatalkan statusnya.

Ke-29 Proyek Strategis Nasional yang dibatalkan status PSN-nya sepanjang 2016 dan 2017 adalah:[32][51][56]

• Jalan Tol Waru (Aloha) - Wonokromo - Tanjung Perak, di Jawa Timur, sepanjang 18,2 kilometer, dengan nilai laburan Rp 11,11 trilion. Proyek ini dikeluarkan dari statusnya sebagai Proyek Strategis Nasional kerana Pemerintah Provinsi Jawa Timur tidak menginginkan projek ini yang membuat Rencana Tata Ruang dan Wilayah tidak berkunjung dikaji semula untuk mengakomodir projek ini.
• Jalan Tol Sukabumi - Ciranjang - Padalarang, Jawa Barat, sepanjang 61 kilometer, dengan nilai laburan Rp 10,74 trilion;
• Jalan Tol Sunter-Rawa Buaya-Batu Ceper;
• Jalur Rel Kereta Api Kertapati - Simpang - Tanjung Api-Api, Sumatera Selatan, yang merupakan bagian dari Kereta Api Trans Sumatera, dengan nilai laburan Rp 3,36 trilion;
• Jalur Rel Kereta Api Muara Enim - Pulau Baai, yang melewati Sumatera Selatan hingga Bengkulu, dengan nilai laburan Rp 39,97 trilion;
• Jalur Rel Kereta Api Tanjung Enim - Tanjung Api-Api, di Sumatera Selatan, dengan nilai laburan Rp 34 trilion;
• Jalur Rel Kereta Api Jambi - Pekanbaru, dari Jambi hingga Riau, dengan nilai laburan Rp 12,3 trilion;
• Jalur Rel Kereta Api Jambi - Palembang, dari Jambi hingga Sumatera Selatan, dengan nilai laburan Rp 9,79 trilion;
• Jalur Rel Kereta Api di Kalimantan Timur, dengan nilai laburan Rp 53,3 trilion;
• Mass Rapid Transit (MRT) Koridor Timur - Barat di DKI Jakarta kerana kajiannya belum selesai, dengan nilai laburan Rp 83,96 trilion;
• Bandara Sebatik di Kalimantan Utara disebabkan lokasi bandara ini berdekatan dengan Bandara Nunukan;
• Bandara Banten Selatan, Panimbang;
• Bandara Karawang;
• Bandara HAS Hanadjoedin, Tanjung Pandan;[56]
• Bendungan Long Sempajong;
• Bendungan Loea;
• Bendungan Bonehulu;
• Bendungan Segalamider;
• Terminal LPG Banten;
• Kilang mini LNG di Pulau Jawa;
• Sistem Penyediaan Air Minum (SPAM) Mebidang, di Sumatera Utara, dengan nilai laburan Rp 747 miliar;
• Pembangunan Bendungan Pelosika, di Sulawesi Tenggara, dengan nilai laburan Rp 3,9 trilion;
• Kawasan Ekonomi Khusus Merauke, Papua;
• Kawasan Ekonomi Khusus, Lhokseumawe;
• Pelabuhan Wayabulu;
• Pelabuhan Parigi;
• Food estate;
• Pembangunan Pulau Karantina, di Pulau Nanduk;
• Pembangunan gudang beku terintegrasi di 20 lokasi.

Semula terdapat 16 Proyek Strategis Nasional yang akan dibatalkan statusnya, namun dua projek yakni Jalan Palu-Parigi sepanjang 83,6 kilometer, Jabodetabek Circular Line, dan pengembangan pelabuhan hub antarabangsa Bitung, diputuskan tetap mendapatkan status PSN berdasarkan rapat di Sekretariat Kabinet pada 4-5 April 2018, setelah penanggung jawab projek menyetujui perubahan strategi implementasi, dengan target pembinaan atau financial close harus dimulai paling lambat sebelum kuartal III-2019. Namun, pembangunan rel kereta api Provinsi Kalimantan Timur tetap dibatalkan status PSN-nya berdasarkan Surat Menteri Perhubungan No PR.007/1/15/PHB/2018 tertanggal 9 April 2018.[32]